先天性無阴道は先天性の奇形で、正常な女性の染色体核型、全身の成長と女性の第二性徴の発達が正常で、外陰が正常で、阴道が欠如し、子宮は発達(双角の残留部分のみ)、輸卵管が細く、卵巣の発達と機能が正常であるRokitansky-Kustner-Hauser症候群の患者が最も多いです。
テストيس女性化(アンドロゲン不応症候群)の患者は稀です。ほとんどが真性の両性異形や性腺発達不全です。先天性無阴道は副中肾管が胚胎形成時に発達不全した結果であり、阴道形成術が必要です。人体の胚胎形成過程では、男性も女性も中肾管と中肾傍管の二本の縦形の管があります。中肾傍管の頭部の縦列部分は輸卵管に派生し、中間部の横列部分は子宮底部と体部に派生し、尾部の縦列部分は子宮頸と阴道上段に派生します。二つの中肾傍管が合流した最も尾端が尿生殖嚢の背側で接触し、胚胎第3ヶ月に突起して中肾傍結節となり、二つの中肾傍結節が通じ合って阴道下段が形成されます。先天性無阴道は阴道上段の発達異常であり、二つの中肾傍管が合流した後で尾端に延びずに残ったためです。