Do vị trí, hình thái, kích thước, biến chứng và các yếu tố khác như dị dạng kết hợp khác nhau của dị dạng tái phát ruột, các triệu chứng biểu hiện khác nhau, triệu chứng có thể xuất hiện ở mọi lứa tuổi, hầu hết xuất hiện trong thời kỳ trẻ sơ sinh.
1Dị dạng tái phát ruột trong khoang ngực có thể ép đường thở gây khó thở, ép thực quản gây triệu chứng tắc nghẽn, khi màng trong có màng nhầy dạ dày, vì bị axit dạ dày và enzyme tiêu hóa mài mòn, làm cho mô thực quản và phổi gần đó bị viêm, thậm chí có thể xảy ra thủng và chảy máu, xuất hiện nôn máu, đi cầu máu hoặc mủ phổi.
2Dị dạng tái phát dạ dày, vùng trên bụng có cảm giác đầy, nôn không có mật, dưới gân sườn phải có thể sờ thấy khối u dạng túi.
3Dị dạng tái phát ruột non, khối u dạng túi lớn ép ruột gây tắc ruột, bụng có thể sờ thấy khối u tròn hoặc oval, trơn nhẵn, có độ di động nhất định, khi lượng dịch trong túi tăng lên làm cho thành túi căng ra thì xuất hiện đau và đau nhức, khối u dạng túi nhỏ trong ruột thành thường gây ra ruột quấn, một số dị dạng tái phát có thể làm ruột đoạn dính bị cuộn lại gây tắc ruột nội bộ và hoại tử ruột, dị dạng hình ống thông với ruột, vì dịch trong ống có thể được thải ra qua ruột, vì vậy không dễ dàng sờ thấy khối u, khi màng trong ruột thường gây ra loét, xuất hiện nôn máu hoặc đi cầu máu, khi loét thủng xuất hiện triệu chứng viêm phúc mạc.
4Dị dạng tái phát ruột kết có triệu chứng nhẹ, khi ép ruột có thể gây ra triệu chứng tắc ruột thấp, khi có máu thì phân có màu đỏ tươi, thường kèm theo dị dạng tái phát niệu quản, bàng quang, âm đạo, niệu đạo và trực tràng hậu môn.
5Dị dạng tái phát trực tràng xuất hiện sớm, khó đi tiêu, khi đi tiêu có khối u từ trực tràng nội bộ rời ra, là đặc điểm của dị dạng tái phát trực tràng hình cầu, khi khám trực tràng có thể cảm nhận được khối u dạng túi ở sau trực tràng.