淋菌性肛门直腸炎は主に同性愛の男性に見られ、40%を占めます。女性では、ほとんどが陰道からの自己感染によるもので、35%から50%を占めます。直腸淋菌感染の症状は、ただの肛门の瘙痒、痛みのない粘液性膿性分泌物、または少しだけの出血に限られ、里急後重、膿性便、肛門粘膜の腫脹、膿性分泌物も見られます。淋菌培養は陽性です。同性愛の男性は多くの場合、症状がありません。分離された淋菌は耐薬性菌株が多く、これは某些高度に敏感な菌株が便中の胆汁塩や脂肪酸で迅速に殺されるためです。このような淋菌は胆汁塩や脂肪酸に耐性があり、染色体には耐多種の薬剤の耐性遺伝子が常によく見られます。治療は難しいです。