腸胃道ウイルス71型は1969~1970年にアメリカのカリフォルニアで二次性の中枢神経系感染の大流行中に分離され、1970年以降世界中に広がった;1972年にオーストラリアで主に脳膜炎を引き起こす大流行が発生し、1973年に日本では手、足、口の病気および(または)無菌性の脳膜炎を主とする大流行が発生し、スウェーデンでは主に無菌性の脳膜炎を引き起こす大流行が発生し、少数の手、足、口の病気の大流行も伴った;EV71は1969年にカリフォルニアの中枢神経系疾患を持つ乳児の便の検体から初めて分離され、1974年に種類が確認され命名された。その後、多くの国々でEV71の流行状況が報告された。中国大陸では1987年冬季に湖北省で手足口病が初めて報告され、1995年に武漢市のウイルス研究所が手足口病患者からEV71を分離し、その後の複数の流行は検査によりEV71感染が原因であると確認された。