泌尿生殖道の原虫感染は原虫性尿道感染と呼ばれます。原虫は細菌とウイルスの間に位置し、現在所知の最小の独立して生活できる微生物の一つです。1937年にDrsnesらがバルサム腺の膿瘍から原虫を分離し、これは原虫が人間に病気を引き起こす初めての報告でした。泌尿生殖道から検出された原虫は7種類あり、主に人型原虫と尿素分解原虫です。
原虫性尿道感染は、ほとんどの幼児(特に女児)の生殖道から原虫UUが多く分離され、多くは母体から来ており、3ヶ月以降急速に減少します。青春前期の男性の生殖道では原虫がほとんど寄宿しておらず、しかし8%から22%の女性が原虫を持ちます。青春期以降の生殖道に原虫が現れるのは、主に性接触の結果です。ある調査によると、性成熟、症状がない女性の下生殖道UUの分離率は56.8%です。原虫の検出率は若年、多性伴の黒人種や非バリア避孕などの要因に関連しており、正常な男性の原虫分離率は約14%です。