المثانة الكبيرة-القولون القصير-أسباب متلازمة بطانة القولون المضطربة غير معروفة بعد، قد تكون مرتبطة بالعوامل البيئية، العوامل الوراثية، العوامل الغذائية، وإحساس النساء الحوامل النفسي والغذائي أثناء الحمل. لم يتم توضيح آلية الإصابة بالمرض، حيث يعتقد بعض العلماء أنها ناتجة عن فقدان الخلايا الوعائية للقولون للتحكم في الألياف العصبية، مما يؤدي إلى بطانة القولون المضطربة العصبية. كما يعتقد بعض العلماء أنها مرتبطة بالعادات الغذائية اليومية وأيضًا غير الطبيعية في الكروموسومات، ولكن لم يتم إثبات ذلك حتى الآن.